Od 1. ledna 2006 má celní správa novou kompetenci. Vybírání a vymáhání pokut a nedoplatků uložených jinými orgány státní správy (např. Policií ČR, Českou obchodní inspekcí, Českou inspekcí životního prostředí a dalšími státními úřady a institucemi). Novou kompetenci převzali celníci od finančních úřadů v rámci tzv. dělené správy.
Mezi největší ukladatele pokut patří Policie ČR a to zejména v oblasti dopravních přestupků. Pokud tedy například řidič nezaplatí pokutu na místě, dostane složenku, na které je již uvedena adresa a účet příslušného celního úřadu. Tu může jako doposud zaplatit na jakékoliv poště nebo nově ji může zaplatit na jakémkoliv celním úřadě. Nebude-li poukázka zaplacena do 15 dnů, začne pokutu vymáhat celní úřad.
Jak takové vymáhání vypadá? Celní úřad zašle neplatiči výzvu k okamžitému zaplacení. Pokud bude výzvu ignorovat, následuje příkaz k exekuci. Pokuty mohou být vymáhány srážkami ze mzdy, sociálních dávek, nemocenské nebo jiných příjmů popřípadě obstavením bankovního účtu. Nebude-li ani tento způsob účinný, zaklepou u dlužníka celní exekutoři. Ti mohou zabavit movité věci, ale i nemovitost.
Zda na neplatiče zapůsobí příchod uniformovaného příslušníka až do jeho bydliště a zda se podaří vyřešit stále se zvyšující počet nedobytných pohledávek státu vůči provinilcům, ukáže čas.